L'EFSA évalue la sécurité des organismes génétiquement modifiés (OGM) avant qu'ils puissent être autorisés pour un usage dans l’alimentation humaine ou animale et/ou pour la culture dans l'UE. Cette procédure est valable pour les plantes GM, les micro-organismes GM et les animaux GM.
Les dossiers doivent être soumis à l'autorité nationale compétente d'un État membre, qui transmet ensuite les dossiers à l’EFSA. Le dossier technique doit être complété conformément aux documents d'orientation de l'EFSA.