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Tipizzazione molecolare

La tipizzazione molecolare dei microrganismi, nota anche come fingerprinting microbico, ha conosciuto un rapido sviluppo negli ultimi anni.

La tipizzazione degli agenti patogeni (ovvero che provocano malattie) di origine alimentare, quali Salmonella, Listeria, E. coli e Campylobacter contribuisce all’individuazione dei ceppi responsabili di focolai infettivi di origine alimentare e delle minacce sanitarie emergenti. Stabilendo un nesso tra determinati ceppi e specifiche tipologie di alimenti è possibile stimare il ruolo dei diversi alimenti nelle infezioni umane, processo noto come “attribuzione delle fonti”.

Tale processo è stato applicato in diverse occasioni. Durante il focolaio di E. coli produttore della tossina Shiga del 2011, che ha provocato 4 000 casi di infezione e oltre 50 decessi, la tipizzazione molecolare ha avuto un ruolo essenziale nell’individuazione dei casi, consentendo di dimostrare che lo stesso ceppo era responsabile dei cluster di casi in Germania e in Francia.

Interactive infographic: molecular typing
Interactive infographic: molecular typing

Notizie recenti

Dando seguito a una richiesta della Commissione europea, l’EFSA e l’ECDC stanno conducendo una raccolta e analisi congiunte di nuovi dati di tipizzazione molecolare da isolati di Salmonella, Listeria monocytogenes e STEC prelevati da campioni alimentari, animali e umani.

Tappe importanti

2019 Gli esperti valutano il possibile uso del whole genome sequencing and metagenomics to investigate foodborne outbreaks (sequenziamento dell’intero genoma e della metagenomica per indagare i focolai epidemici di origine alimentare) nell’analisi dell’attribuzione delle fonti e nella valutazione del rischio microbiologico. Analizzano inoltre vantaggi e limiti delle metodologie di sequenziamento di prossima generazione per caratterizzare Salmonella e STEC e per rilevare i geni di resistenza agli antimicrobici nei batteri.

2019 In esito a una richiesta della Commissione, l’EFSA e il Centro europeo per la prevenzione il controllo delle malattie (ECDC) forniscono supporto tecnico per la raccolta e analisi dei dati tratti dal sequenziamento dell'intero genoma (WGS). Gli esperti valutano lo stato dell’arte degli strumenti in uso e individuano esigenze e requisiti del sistema comune di raccolta dati EFSA-ECDC.

2018 La Commissione europea e l’EFSA, in collaborazione con i laboratori di riferimento dell’Unione europea (EURL), pubblicano il rapporto di un sondaggio dal titolo report on a survey among the EU/EFTA laboratory networks for the main foodborne pathogens. Il sondaggio mirava a raccogliere informazioni sulle capacità in termini di WGS dei laboratori di sicurezza alimentare/veterinaria dell’UE e dei Paesi associati (EFTA).

2014 L’EFSA valuta i requirements for the design of surveillance activities for foodborne pathogens when molecular typing methods are applied (criteri per la progettazione di attività di sorveglianza dei patogeni di origine alimentare quando vengano applicati metodi di tipizzazione molecolare). Gli esperti esaminano inoltre i requisiti di una raccolta e analisi armonizzate dei dati, necessarie per confrontare le tendenze nel tempo e nelle varie aree geografiche.

2014 Circa 90 autorevoli scienziati, valutatori del rischio, responsabili delle politiche e gestori del rischio, operanti nel campo delle zoonosi di origine alimentare, partecipano a un colloquio scientifico dell’EFSA per dibattere di use of the WGS of food-borne pathogens for the protection of public health (uso del sequenziamento dell’intero genoma dei patogeni alimentari per la tutela della salute pubblica).

2013 L'EFSA analizza i seguenti metodi: molecular typing methods applied to Salmonella, Campylobacter, Shiga-toxin producing E. coli and Listeria monocytogenes.

Gli esperti valutano i metodi sulla base di criteri specifici: la loro capacità di discriminazione (cioè la capacità di distinguere tra i diversi patogeni), la riproducibilità e l’idoneità all’armonizzazione a livello internazionale. Ne valutano inoltre l’adeguatezza per diverse applicazioni in materia di salute pubblica quali la rilevazione dei focolai infettivi e l’indagine su di essi, stimando il contributo delle varie fonti all’insorgenza di malattie e prevedendo quali ceppi possano provocare epidemie.

Ruolo

L’EFSA mette a disposizione gli strumenti e le banche dati per agevolare la raccolta dei dati sulla tipizzazione molecolare dei patogeni di origine alimentare in alimenti e animali. In definitiva il lavoro dell’EFSA nel campo delle malattie di origine alimentare aiuta le istanze decisionali dell’Unione europea a definire politiche e adottare misure per la tutela dei consumatori.

L'EFSA coordina la raccolta dei risultati della tipizzazione molecolare tradizionale (elettroforesi su gel a campo pulsato o PFGE) di isolati alimentari e animali di Salmonella, Listeria monocytogenes e E. coli produttore della tossina Shiga (STEC) trasmessi dai laboratori nazionali di riferimento e da altri laboratori accreditati.

L'ECDC gestisce la raccolta di dati simili per gli isolati umani. I dati provenienti dai vari ambiti (alimenti, animali e uomo) vengono armonizzati.

Una volta ricevuti i dati vengono convalidati e raccolti in una banca dati congiunta ECDC-EFSA, in modo da poter effettuare un'analisi congiunta degli isolati umani e non umani.

Quadro UE

La Commissione europea ha redatto un documento programmatico sulla creazione di banche dati per i test molecolari sui patogeni di origine alimentare, in preparazione a eventuali focolai infettivi. L’EFSA, l’ECDC e i laboratori di riferimento dell’Unione europea hanno contribuito alla redazione del documento, che definisce il contesto del lavoro in questo campo a livello UE e nazionale.

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