Typage moléculaire

Introduction

Le typage moléculaire des microbes, aussi appelé analyse de l’empreinte microbienne, a connu un développement rapide ces dernières années.

Le typage des agents pathogènes d’origine alimentaire (c-à-d. des agents présents dans les denrées alimentaires susceptibles d’engendrer des maladies) tels que Salmonella, Listeria, E. coli ou Campylobacter contribue à identifier les souches spécifiques à l’origine des foyers de toxi-infections alimentaires et à détecter de nouvelles menaces sanitaires potentielles. En établissant un lien entre les souches et les types d'aliments, il est possible d’évaluer le rôle joué par différents aliments dans les infections humaines. Cette méthode est connue sous le nom d’attribution des sources.

Cette technique a été utilisée à plusieurs reprises. Par exemple, lors du foyer épidémique de 2011 engendré par la bactérie E. coli productrice de shigatoxines (STEC), à l’origine de 4 000 cas et de plus de 50 décès, le typage moléculaire a joué un rôle déterminant dans l'identification des cas et a permis de démontrer qu’une seule et même souche était responsable des foyers épidémiques survenus en Allemagne et en France.

 molecular typing
Infographie interactive : typage moléculaire
 

Activités récentes

À la suite d'une demande de la Commission européenne, l'EFSA et l'ECDC travaillent actuellement conjointement sur la collecte et l'analyse de nouvelles données de typage moléculaire issues d'aliments et d'isolats animaux et humains de Salmonella, Listeria monocytogenes et STEC.

Jalons clés

2019 – Des experts évaluent l’utilisation possible du séquençage du génome entier et de la métagénomique pour étudier les foyers épidémiques d'origine alimentaire, dans le cadre de l'analyse de l’attribution des sources et de l'évaluation des risques microbiologiques. Ils analysent également les avantages et les limites des méthodologies de séquençage de prochaine génération pour caractériser Salmonella et les STEC et détecter les gènes de résistance aux antimicrobiens dans les bactéries.

2019 – À la demande de la Commission européenne, l’EFSA et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) fournissent un support technique pour la collecte et l'analyse de données de séquençage du génome entier (SGE). Les experts évaluent les technologies existantes les plus récentes et identifient les besoins et les critères applicables aux système commun de collecte de données EFSA-ECDC.

2018 – La Commission européenne et l'EFSA, appuyées par les laboratoires de référence de l'Union européenne (EURL), publient le rapport d’une enquête menée auprès des réseaux de laboratoires UE/AELE concernant les principaux agents pathogènes d'origine alimentaire. L’enquête vise à recueillir des informations sur les capacités des laboratoires en Europe et dans les pays associés (AELE) à utiliser la technique du séquençage du génome entier.

2014 – l’EFSA évalue les critères de conception des activités de surveillance des agents pathogènes d'origine alimentaire dans le cadre de l’utilisation des méthodes de typage moléculaire. Les experts passent également en revue les critères nécessaires à une collecte et une analyse harmonisées des données. L’utilisation de données comparables est en effet importante si l’on veut être en mesure de comparer les tendances dans le temps et dans l’espace.

2014 – Environ 90 scientifiques, évaluateurs du risque, décideurs politiques et gestionnaires du risque actifs dans le domaine des zoonoses d’origine alimentaire participent à un colloque scientifique à l’EFSA pour discuter de l’utilisation du séquençage du génome entier des pathogènes d'origine alimentaire pour protéger la santé publique.

2013 – l’EFSA étudie les méthodes de typage moléculaire appliquées à Salmonella, Campylobacter, E. coli productrice de shiga-toxine et Listeria monocytogenes.

Les experts évaluent ces méthodes en fonction de critères précis : leur capacité discriminatoire (aptitude à distinguer différents pathogènes), leur reproductibilité et leur capacité à faire l’objet d’une harmonisation à l’échelle internationale. Ils évaluent également leur pertinence pour différentes applications dans le domaine de la santé publique, notamment l’efficacité de ces méthodes pour détecter et identifier des foyers épidémiques d'origine alimentaire, pour estimer la contribution de différentes sources à des maladies d'origine alimentaire ou encore pour prédire quelles souches d'agents pathogènes d'origine alimentaire pourraient potentiellement provoquer des foyers épidémiques.

Rôle de l’EFSA

L'EFSA fournit les outils et les bases de données qui permettent d’étayer la collecte des données sur le typage moléculaire d’agents pathogènes d'origine alimentaire présents dans les aliments et chez les animaux. À terme, les travaux de l’EFSA dans le domaine des maladies d’origine alimentaire aident les décideurs de l’Union européenne à définir des politiques et à adopter des mesures destinées à protéger les consommateurs.

L’EFSA coordonne la collecte des résultats du typage moléculaire traditionnel (électrophorèse sur gel en champ pulsé, ou EGCP) effectué sur les isolats alimentaires ou les isolats animaux de Salmonella, Listeria monocytogenes et E. coli productrice de shiga-toxine (STEC) soumis par les laboratoires de référence nationaux ou d’autres laboratoires officiels.

L'ECDC quant à elle gère la collecte de données similaires recueillies sur les isolats humains. Les données sont harmonisées entre les secteurs (denrées alimentaires, animaux et humains).

Lors de leur soumission, les données sont validées et rassemblées dans une base de données commune ECDC-EFSA, afin de permettre une analyse conjointe des isolats humains et non humains.

Cadre réglementaire de l’UE

La Commission européenne a préparé un document de réflexion sur l’élaboration de bases de données destinées à l’analyse moléculaire des agents pathogènes d’origine alimentaire dans le cadre de la préparation en cas de foyer épidémique. L’EFSA, l’ECDC et les laboratoires de référence de l’Union européenne ont participé à la rédaction de ce document qui définit notamment les différents cadres de travail dans ce domaine au niveau de l’UE et au niveau national.

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