Séquençage du génome entier dans les épidémies d’origine alimentaire

Mis à jour le :

11 novembre 2025

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L’Union européenne (UE) dispose d’un système de sécurité alimentaire robuste. Cependant, la contamination d’aliments par des micro-organismes reste possible. À l’heure de la mondialisation, des aliments contaminés sont susceptibles d’être commercialisés au sein de l’UE ou importés de pays tiers. La consommation de ces aliments contaminés risque de provoquer une infection dont les symptômes peuvent être légers, modérés ou graves. En combinant des données concernant à la fois des cas humains et le secteur alimentaire, les agences de l’UE peuvent déterminer si des incidents locaux ou nationaux pourraient se transformer en épidémies plus importantes touchant plusieurs pays.

Le typage moléculaire Moyen d'identifier des souches spécifiques d'organismes en étudiant leur matériel génétique. Souvent utilisé pour caractériser des bactéries ou des virus des microbes, aussi appelé analyse de l’empreinte microbienne, est une technique utilisée pour identifier des souches spécifiques de micro-organismes en analysant leur matériel génétique. Cette méthode est essentielle pour diverses applications, notamment le suivi de la propagation de maladies infectieuses, l’identification de l’origine des épidémies ou encore la compréhension de la diversité génétique Variation génétique entre espèces et au sein d’une espèce des populations microbiennes.

L’une des méthodes de typage moléculaire les plus avancées est le séquençage du génome entier Visualisation de l'ensemble du matériel génétique d'un organisme donné (SGE). Cette approche permet de caractériser en détail les génomes microbiens, contribuant ainsi à identifier les gènes qui peuvent être à l’origine de maladies et de phénomènes de résistance aux antibiotiques. Elle permet également de déterminer la provenance des agents pathogènes et de comprendre leur mode de propagation en reconstituant leur phylogénie histoire évolutive et relations entre des organismes ou des gènes, généralement représentées sous forme d’arborescence (arbre phylogénétique). Dans le séquençage du génome entier, les phylogénies permettent de remonter à l’origine, de suivre la propagation et l’évolution génétique des agents pathogènes.

Le SGE a considérablement amélioré notre capacité à détecter les foyers d’infection, à confirmer les sources alimentaires responsables de ces infections et à comprendre la composition génétique des agents pathogènes. Grâce à l’analyse et à la comparaison des profils génomiques de bactéries issues de denrées alimentaires contaminées et d’individus infectés, les scientifiques peuvent identifier des corrélations entre les sources d’infection et les cas humains, ouvrant ainsi la voie à des interventions de santé publique plus efficaces.

Jalons clés

2023
Septembre
Conjointement avec le groupe de travail inter-EURL sur le séquençage de nouvelle génération, l’EFSA organise la conférence «Science meets policy» (les sciences à la rencontre de la politique): utiliser le séquençage de nouvelle génération pour lutter contre les menaces d’origine alimentaire. La conférence a fait progresser les discussions sur les méthodologies et les normes de partage des données, à travers l’identification de domaines d’action en vue d’une feuille de route conçue par les parties prenantes. Les obstacles juridiques et les solutions liées à la sécurité alimentaire ont également été abordés.
2022
Juillet
L'EFSA lance une plateforme pour la collecte et l'analyse des données de séquençage du génome entier (WGS) de Salmonella, Listeria monocytogenes et Escherichiacoli dans les aliments et les animaux, suite à une demande de la Commission européenne. La plateforme est accessible aux organisations nationales compétentes dans le domaine de la sécurité alimentaire, qui téléchargeront des données provenant de la surveillance annuelle des maladies d'origine alimentaire. Elle interagira avec le système équivalent de collecte de données de l'ECDC.
La plateforme soutiendra le travail de l'EFSA et de l'ECDC en matière d'évaluation rapide des épidémies, et contribuera en définitive à protéger les consommateurs européens.
2019
Décembre
Des experts évaluent l’utilisation possible du séquençage du génome entier et de la métagénomique pour étudier les foyers épidémiques d'origine alimentaire, dans le cadre de l'analyse de l’attribution des sources et de l'évaluation des risques microbiologiques. Ils analysent également les avantages et les limites des méthodologies de séquençage de prochaine génération pour caractériser Salmonella et les STEC et détecter les gènes de résistance aux antimicrobiens Capacité des micro-organismes à résister aux traitements antimicrobiens, souvent abrégée en RAM. La surutilisation ou l'utilisation inappropriée des antibiotiques est associée à l'émergence et à la propagation de micro-organismes qui y sont résistants, rendant les traitements inefficaces et constituant un risque grave pour la santé publique. dans les bactéries.
Mai
À la demande de la Commission européenne, l’EFSA et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) fournissent un support technique pour la collecte et l'analyse de données de séquençage du génome entier (SGE). Les experts évaluent les technologies existantes les plus récentes et identifient les besoins et les critères applicables aux système commun de collecte de données EFSA-ECDC.

Rôle de l'EFSA

L’EFSA joue un rôle important dans la coordination de la collecte des données SGE des bactéries pathogènes d’origine alimentaire. Conjointement avec l’ECDC, l’EFSA utilise ces données pour préparer l’évaluation des épidémies d’origine alimentaire transnationales (connues sous le nom d’évaluation conjointe rapide du foyer épidémique ou ERF).

Système SGE Une seule santé

L’EFSA et l’ECDC ont développé le « système SGE Une seule santé », un outil informatique sophistiqué conçu pour regrouper et analyser les données SGE des États membres de l’UE. Opérationnel depuis juillet 2022, ce système recueille et analyse les profils génomiques de bactéries pathogènes d’origine alimentaire importantes, telles que Listeria monocytogenes, Escherichia coli et Salmonella enterica.
Une vidéo publiée par l’EFSA présente l’utilisation des données SGE pour lutter contre les épidémies d’origine alimentaire et explique le fonctionnement du «système SGE Une seule santé.

Le système comporte deux plateformes interconnectées, l’une hébergée par l’EFSA et l’autre par l’ECDC. Ces plateformes collectent de manière indépendante les données de séquençage génomique de chaque secteur (santé humaine et sécurité alimentaire), puis elles génèrent des profils pour une analyse intersectorielle. Les plateformes échangent automatiquement les profils génomiques et génèrent des rapports en continu, ce qui permet aux scientifiques de l’EFSA et de l’ECDC d’identifier et d’évaluer rapidement les éventuelles épidémies d’origine alimentaire.

Le système SGE Une seule santé offre plusieurs avantages :

possibilité pour les États membres de partager les données SGE avec l’EFSA et l’ECDC ;
création de bases de données de profils génomiques à partir d’isolats humains et d’isolats alimentaires afin de détecter les foyers épidémiques et d’identifier les épidémies d’origine alimentaire ;
soutien aux enquêtes en temps réel portant sur des épidémies alimentaires transnationales ;
promotion de la collaboration intersectorielle et du partenariat entre les États membres dans les secteurs de la sécurité alimentaire et de la santé publique.

L’EFSA et l’ECDC utilisent les informations recueillies dans le système SGE Une seule santé, ainsi que la traçabilité Capacité de suivre le parcours d'une denrée alimentaire ou d'un ingrédient tout au long de ses étapes de production, de traitement et de distribution et les preuves épidémiologiques pertinentes, pour évaluer les épidémies d’origine alimentaire touchant plusieurs pays. L’objectif des deux organismes est d’identifier les sources de ces épidémies et, plus précisément, d’identifier le vecteur alimentaire concerné.

Les règles d’utilisation des données stockées dans les bases de données de l’EFSA et de l’ECDC liées au système SGE Une seule santé sont incluses dans l’accord de collaboration entre l’EFSA et l’ECDC.

Garantir un partage des données sécurisé et efficace

Le système SGE est conçu pour faciliter le partage de données de manière sécurisée, efficace et flexible, tout en respectant les priorités nationales et en garantissant la confiance des parties prenantes. Il s’appuie sur les principes clés suivants :

Le partage des données s’effectue dans un environnement sécurisé, garantissant la confidentialité et l’intégrité des données ;
Les pays conservent la pleine propriété de leurs données, le système garantit un contrôle et une utilisation responsable de ces dernières ;
L’outil prend en compte les complexités du contexte européen en permettant à chaque pays de désigner des fournisseurs de données en fonction des priorités nationales ;
L’outil facilite les processus de mise en œuvre au niveau national pour une intégration fluide avec les systèmes nationaux tout en fournissant un portail intuitif pour les utilisateurs non techniques ;
La visibilité des données a été conçue pour protéger les informations spécifiques à chaque pays sans compromettre l’efficacité du processus de partage.

L’approche définie vise à instaurer la confiance entre les parties prenantes, à favoriser une coopération efficace et à renforcer la protection de la santé publique. Elle permet l’alignement des politiques nationales sur les objectifs plus larges de l’UE, ce qui aboutit à des résultats plus efficaces et mieux coordonnés entre les États membres.

Autres ressources utiles:

Cadre de l’Union européenne

Le règlement (UE) 2025/179 définit les obligations relatives à la collecte et à la transmission des données d’analyse moléculaire liées aux foyers de toxi-infection alimentaire. Le règlement a été publié le 31 janvier 2025 et il entrera en vigueur le 23 août 2026.
La directive 2003/99/CE établit des règles relatives à la surveillance et à la déclaration des zoonoses et des agents zoonotiques. Ces règles constituent la base juridique des nouvelles exigences en matière de collecte de données d’analyse moléculaire.
EC FAQs on WGS in foodborne outbreak investigations - European Commission

FAQ

1. Qui a accès au système WGS One Health?

Les agences de l’UE: le personnel spécialisé de l’EFSA peut accéder à la plateforme de l’EFSA et le personnel spécialisé de l’ECDC peut accéder à la plateforme de l’ECDC.

Le secteur de la sécurité des aliments: l’accès à la plateforme de l’EFSA est accordé uniquement aux fournisseurs de données et aux responsables nationaux désignés par les autorités de sécurité alimentaire des pays déclarants.

Le secteur de la santé publique: l’accès à la plateforme de l’ECDC (c’est-à-dire EpiPulse, qui comprend la plateforme de l’ECDC en tant que partie du système WGS One Health) est accordé aux utilisateurs désignés par les coordinateurs nationaux des pays de l’UE/EEE, conformément à la politique de l’organe compétent chargé de la coordination avec l’ECDC.

2. Comment les plateformes de l’EFSA et de l’ECDC interagissent-elles au sein du système WGS One Health?

Le système de l’ECDC détecte les foyers épidémiques d’isolats ou identifie des «événements» de cas humains. Pour chaque foyer épidémique ou événement identifié, l’ECDC envoie une requête à la plateforme de l’EFSA dans le but de rechercher toutes les données pertinentes qui y sont liées (c’est-à-dire les profils alléliques relatif aux allèles, qui sont des versions différentes d’un gène se trouvant au même endroit sur un chromosome génomiques générés à partir de séquences brutes soumises par les fournisseurs de données). La plateforme de l’EFSA identifie ensuite les profils qui correspondent étroitement à un ou plusieurs membres du foyer épidémique, en utilisant les seuils de distance allélique que l’EFSA et l’ECDC ont établis conjointement et qu’ils revoient régulièrement.
Le système de l’EFSA répond aux requêtes de l’ECDC en transférant uniquement les profils génomiques (à l’exclusion des séquences brutes), ainsi que d’autres données de typage et des métadonnées limitées. Les métadonnées comprennent, pour chaque correspondance trouvée, l’année d’échantillonnage, le pays d’échantillonnage, le pays de l’organisation et la catégorie d’aliments.
Lors des évaluations conjointes ECDC-EFSA de foyers de toxi-infection alimentaire touchant plusieurs pays, toutes les informations pertinentes disponibles pour l’enquête sont échangées entre les deux agences.

3. Quelles informations relatives aux isolats alimentaires sont mises à la disposition des utilisateurs de l’EFSA?

Le personnel de l’EFSA peut accéder à toutes les données de la base de données de l’EFSA, les consulter et les gérer intégralement.

Les fournisseurs de données peuvent accéder aux données de leur organisation, les consulter et les gérer intégralement.

Les responsables nationaux peuvent accéder aux données de leur pays, les consulter et les gérer intégralement pour le compte de n’importe quel organisme fournisseur de données.

À la suite d’une requête, les fournisseurs de données et les responsables nationaux peuvent accéder aux informations suivantes concernant les données qui n’appartiennent pas à leur organisation ou à leur pays:

informations de typage (typage par analyse de séquences multilocus, sérotype, profil de résistance aux agents antimicrobiens, pathotype);
année d’échantillonnage (si disponible);
catégorie: «denrée alimentaire» ou «humain»;
pays: uniquement s’il correspond au pays de l’utilisateur.

Il n’est pas possible de télécharger des données (données de séquençage, données de typage et autres métadonnées) à partir du système, sauf si elles appartiennent à l’organisation et sont présentées par le fournisseur de données de l’organisation.

Il n’est pas possible de télécharger l’analyse transsectorielle ni les résultats des interactions entre les bases de données de l’EFSA et de l’ECDC; les utilisateurs peuvent visualiser les résultats uniquement sur la plateforme de l’EFSA.

4. Quelles informations relatives aux isolats alimentaires sont mises à la disposition des utilisateurs de l’ECDC?

Les foyers épidémiques intersectoriels sont présentés aux utilisateurs de la santé publique dans EpiPulse.
Les foyers épidémiques ne peuvent être consultés que par les utilisateurs des pays concernés (c’est-à-dire ceux qui ont des cas humains dans le foyer épidémique), à moins que l’ECDC ne les évalue au niveau supérieur et les considère comme un «événement».
Les utilisateurs nationaux peuvent accéder automatiquement aux résultats des requêtes effectuées par l’ECDC, selon des règles spécifiques; les données relatives aux denrées alimentaires, à l’année d’échantillonnage, à la catégorie d’aliments (par exemple, poissons et produits de la pêche) et au pays d’échantillonnage ne peuvent être consultées que par les pays concernés (c’est-à-dire ceux qui ont des cas dans le foyer épidémique).
Les données alimentaires ne peuvent pas être téléchargées par les utilisateurs de la plateforme de l’ECDC.

5. Qui est propriétaire des données soumises à la plateforme de l’EFSA?

Les États membres sont propriétaires de leurs données sur la plateforme de l’EFSA et ils peuvent les gérer au sein du système.
Ils peuvent partager leurs données en les rendant accessibles à d’autres utilisateurs du système, y compris l’ECDC, sur la base des règles d’accès, de traitement et de visibilité décrites dans l’accord de collaboration entre l’EFSA et l’ECDC.
Ils peuvent modifier leurs données pour corriger ou intégrer des informations.
Ils peuvent retirer leurs données à tout moment, si elles ne sont pas «verrouillées» par l’EFSA en raison de leur utilisation dans une évaluation conjointe de l’EFSA et de l’ECDC concernant l’épidémie.

6. Comment les données sont-elles utilisées par l’EFSA et l’ECDC?

L’ECDC et l’EFSA utilisent les données collectées dans le système WGS One Health pour réaliser des analyses intersectorielles (c’est-à-dire la détection et des enquêtes conjointes concernant des foyers épidémiques ou des épidémies microbiologiques) pour les évaluations conjointes ECDC-EFSA de foyers de toxi-infection alimentaire et/ou pour contribuer aux enquêtes liées aux foyers, aux épidémies et aux événements transfrontaliers graves de toxi-infection alimentaire.
L’ECDC et l’EFSA doivent obtenir le consentement des fournisseurs de données, qui sont chargés d’obtenir l’approbation des propriétaires des données, avant toute publication ou communication de données (à l’exception des évaluations des risques pour la santé publique liés aux denrées alimentaires), avant tout travail reproduisant ou utilisant les données, sauf autorisation explicite.