Collecte de données sur la santé et le bien-être des animaux (SIGMA)
L'approche SIGMA pour la collecte de données a été développée dans le cadre du projet SIGMA (2018-2021) visant à améliorer la collecte de données sur la santé animale dans les pays européens.
Projet SIGMA : une nouvelle façon de recueillir des données sur la santé animale
Avant l'introduction de l'approche SIGMA, la collecte des données sur la santé animale était motivée par l'objectif unique de répondre aux questions spécifiques posées par différentes institutions, telles que la Commission européenne et le Parlement européen. Chaque activité Mesure de la capacité d'une substance chimique à exercer un effet, décrite en termes de relation entre la dose utilisée et l'ampleur de l'effet qui en résulte de collecte de données n'était réalisée qu'une seule fois, pour des besoins et des objectifs spécifiques, sans nécessairement garantir la cohérence des données au fil du temps.
Au cours des dernières années, la nécessité d'assurer une surveillance continue de maladies importantes telles que la peste porcine africaine ou la grippe aviaire est devenue plus stricte. Le nombre de notificateurs de données a augmenté, les demandes de communication de données sont devenues plus fréquentes et les informations demandées plus détaillées et plus sophistiquées.
C'est dans ce contexte qu'est né le projet SIGMA, dont l'objectif est le suivant :
- établir de nouvelles normes pour la collecte de données essentielles, par exemple la taille de la population Communauté d’humains, d’animaux ou de plantes de la même espèce d'animaux domestiques ;
- améliorer la qualité et la comparabilité des données reçues entre les États membres et au cours du temps ;
- passer d'une communication manuelle des données à un processus automatisé ;
- réduire le temps nécessaire pour obtenir des données actualisées utilisées pour l'évaluation des risques ;
- fournir aux États membres des instruments leur permettant de produire automatiquement des rapports nationaux sur la santé et la surveillance des animaux dans un environnement protégé ;
- éviter la double signalisation à l'EFSA et, éventuellement, à d'autres référentiels de données.
Le projet est mis en œuvre par un consortium dirigé par l'Istituto Zooprofilattico Sperimentale (IZS) Abruzzo e Molise "G. Caporale", en partenariat avec le Friedrich Loeffler Institut (FLI), l'Institut vétérinaire national suédois (SVA), l'Agence bulgare de sécurité alimentaire et l'Institut de médecine vétérinaire et des sciences animales de l'Université estonienne des sciences de la vie.
Modèle de données sur les populations animales
Points principaux :
- conçu pour être adapté à toutes les espèces Subdivision du genre, l'espèce est un groupe d'organismes étroitement apparentés et d'aspect similaire; par exemple, dans le cas de Homo sapiens (les humains), la seconde partie du nom (sapiens) désigne l'espèce d'animaux domestiques en Europe, garantissant l'intégrité des données collectées au fil du temps et dans différents pays ;
- le niveau de détail se situe au niveau de l'exploitation ;
- les normes sont principalement tirées de la législation sur la santé animale et, uniquement en cas d'absence, d'autres textes législatifs pertinents ou approuvés par le groupe de travail d'experts SIGMA ;
- interopérable avec les données relatives aux résultats des tests enregistrés dans l'entrepôt de données scientifiques de l'EFSA.
Données de laboratoire sur le modèle de données expérimentales de maladies animales
Points principaux :
- construit sur la base des normes SSD2 de l'EFSA ;
- adaptés aux besoins en matière de santé animale (par exemple, échantillons issus d'animaux)
- lié aux données relatives à la population animale au moyen du numéro d'identification de l'exploitation ;
- lorsque les données de laboratoire sont associées à des données sur les populations animales, elles permettent de mieux comprendre les questions suivantes :
- le nombre d'exploitations agricoles échantillonnées,
- le nombre d'animaux dans chaque ferme,
- le nombre d'entre eux qui ont été échantillonnés,
- lequel d'entre eux a été testé positif...
- ...au fil du temps.
- Inclut des informations collectées sur d'autres facteurs de risque potentiels (par exemple, logement à l'extérieur/à l'intérieur).
Cartes par pays
Points principaux :
- site web en libre accès fournissant une vue d'ensemble et des informations sur la propriété des données dans chaque pays européen ;
- élaboré et mis à jour par l'EFSA avec la contribution des points de contact nationaux de l'EFSA.
Rapports sur les flux de données
L'EFSA, avec le soutien du consortium SIGMA et la contribution des points de contact nationaux, a publié une série de rapports techniques décrivant les flux de données générés au niveau national, depuis leur production jusqu'à leur stockage dans les référentiels nationaux. Ces rapports seront particulièrement importants pour les objectifs fixés dans le cadre du projet SIGMA 2.0, qui vise à automatiser davantage le processus de soumission des données.
Outil de cartographie SIGMA EST
Points principaux :
- application web pour la transformation automatisée des données nationales (indépendamment de la langue, de l'alphabet ou des normes) en une base de données standard de l'EFSA ;
- nécessite une configuration initiale (unique), sans qu'aucun effort supplémentaire ne soit nécessaire pour les traductions suivantes (généralement annuelles) ;
- l'accès est accordé lors de la création des informations d'identification.
Outil de validation SIGMA
Points principaux :
- un ensemble de cartes, de tableaux et de graphiques pour une validation éclairée des données ;
- tous les résultats peuvent être téléchargés et utilisés à d'autres fins (par exemple, pour les activités d'établissement de rapports nationaux)
- développé avec l'outil de Business Intelligence actuel de l'EFSA (MicroStrategy).
FAQ
SIGMA peut être considéré comme une approche intégrée de la collecte de données, offrant un ensemble d'outils pour rendre le processus plus facile et plus rapide. Seules les normes (c'est-à-dire le modèle de données sur la population animale et le modèle de données de laboratoire) sont obligatoires. Par conséquent, une « collecte de données SIGMA » correspond en fin de compte à une collecte de données conforme aux normes SIGMA.
La principale nouveauté introduite par SIGMA réside dans ses normes, en particulier le modèle de données sur les populations animales.
Auparavant, l'EFSA collectait des données sur le bétail en Europe avec un niveau de détail beaucoup plus faible et les informations recueillies n'étaient pas centralisées : seuls les pays d'origine tenaient des registres des exploitations agricoles situées sur leur territoire. Or, une bonne connaissance de la population animale domestique est cruciale pour une évaluation correcte des risques. Par exemple, un paramètre épidémiologique de base comme la prévalence* d'une maladie ne peut être calculé si la population n'est pas connue.
C'est pourquoi un module spécifique pour la collecte de données sur le bétail au niveau de l'exploitation a été établi. Ces données seront ensuite associées aux données de laboratoire de l'EFSA afin d'obtenir une vue d'ensemble de la situation. À la fin du processus, l'EFSA sera en mesure d'évaluer :
- le nombre d'exploitations agricoles présentes dans une zone donnée ;
- combien d'entre elles ont été testées ;
- le nombre d'animaux dans chaque ferme ;
- le nombre d'animaux testés ;
- le nombre d'animaux testés positifs.
Grâce aux informations supplémentaires collectées (facteurs de risque potentiels) et aux informations concernant l'ensemble de la population, l'EFSA pourra améliorer la précision des estimations des paramètres épidémiologiques pertinents.
* La prévalence est le rapport entre le nombre d'animaux (choisis au hasard) testés positifs et la population à laquelle ils appartiennent.
Oui. En 2021, la collecte de données sur la peste porcine africaine a été réalisée en utilisant l'approche SIGMA. Malgré l'introduction de nouveaux éléments (une nouvelle série complète de données sur l'élevage domestique, un nouvel outil de cartographie), les données ont été soumises sans retard supplémentaire par rapport aux années précédentes. On s'attend donc à ce qu'à partir de 2022, les données soient reçues dans un délai plus court, la courbe d'apprentissage ayant atteint son plateau.
L'un des principaux objectifs de SIGMA est d'améliorer encore l'expérience des fournisseurs de données (États membres) en matière de soumission des données : l'objectif est de rendre le processus si accessible qu'à tout moment, par exemple dans le cas d'une demande urgente d'évaluation des risques, les fournisseurs de données seront en mesure d'envoyer les données requises en l'espace de quelques jours.
Un deuxième objectif important est d'éviter toute double déclaration, en particulier à l'EFSA. Il apparaît que le modèle de données SIGMA sur les populations animales permet de collecter des données à un niveau de détail tel qu'elles peuvent être agrégées de toutes les manières possibles, répondant ainsi aux besoins d'autres activités, par exemple le rapport annuel sur les zoonoses. L'objectif est de demander aux fournisseurs de données de ne soumettre leurs données qu'une seule fois et dans un format unique.
À l'heure actuelle, SIGMA couvre entièrement la collecte de données sur la peste porcine africaine. La prochaine maladie animale que SIGMA couvrira est la grippe aviaire. En 2023, un projet pilote sera mené avec des États membres volontaires et en mars 2024, la première transmission officielle de données sur l'influenza aviaire dans SIGMA aura lieu.
D'autres maladies et populations animales cibles connexes seront également couvertes par SIGMA, la priorité étant donnée à celles identifiées par le groupe de travail de l'EFSA sur le mandat de surveillance « One Health ».
D'une manière générale, deux types de données sont collectées dans l'approche SIGMA :
- des données sur les populations animales (par exemple, volailles, porcs et bovins), y compris la localisation et la taille de l'exploitation, les espèces animales et le type de production ;
- les données relatives aux résultats des tests de laboratoire, y compris l'identifiant de l'échantillon, l'identifiant de l'établissement, le type d'échantillon, la date de l'échantillonnage et du test, le test de diagnostic utilisé et les résultats.
Les données relatives à la population animale doivent être fournies au niveau de l'établissement (exploitation ou même des lieux plus définis au sein de l'exploitation, s'ils sont officiellement enregistrés au niveau national, par exemple les poulaillers dans le contexte d'une exploitation avicole). Le modèle de données peut enregistrer des données de géolocalisation (latitude et longitude) et, si nécessaire, les fournisseurs de données peuvent également utiliser des niveaux de résolution inférieurs.
Les données de surveillance (résultats de tests de laboratoire) doivent être fournies au niveau des résultats. À cet égard, l'identifiant de l'établissement, qui doit être communiqué lorsque l'échantillon est prélevé sur un animal d'élevage, est une variable d'une importance cruciale. Cet identifiant permet à l'EFSA de relier les résultats des tests aux informations existantes sur l'exploitation où l'animal a été élevé et, en fin de compte, d'effectuer une évaluation des risques et une analyse des facteurs de risque adéquates. Le fait de ne pas communiquer ces informations limitera considérablement les possibilités d'analyse par l'EFSA pour mieux comprendre le comportement de la maladie et aider les éleveurs.
Toutes les données soumises à l'EFSA, une fois validées par l'État membre, sont stockées dans l'entrepôt de données scientifiques de l'EFSA. Les données sont ensuite utilisées par l'EFSA pour réaliser des évaluations des risques et produire des résultats scientifiques. Conformément aux exigences de transparence en vigueur, les données sont publiées de manière proactive dans la Knowledge Junction (Zenodo) de l'EFSA.
Avant la publication d'un résultat scientifique, les données sur lesquelles il repose ne sont accessibles qu'à l'EFSA. Après la publication, les données sont agrégées et mises à la disposition du public dans la Knowledge Junction de l'EFSA (Zenodo).
Toutes les données couvertes par le RGPD (règlement général sur la protection des données), par exemple, l'identification de l'exploitation, la géolocalisation, etc. sont protégées et ne seront pas incluses dans l'ensemble des données publiées dans la Knowledge Junction de l'EFSA.
Si les fournisseurs de données considèrent que certaines de leurs données partagées avec l'EFSA sont confidentielles, ils peuvent en demander la confidentialité en suivant la procédure officielle.
Les exigences minimales sont les suivantes
- les données à soumettre doivent être en format numérique ;
- si un fournisseur de données a l'intention d'utiliser l'outil de cartographie SIGMA EST, un investissement initial unique est nécessaire pour la configuration.
Quelle est la prochaine étape ?
Le projet SIGMA 2.0 (2022-2025) comporte cinq modules de travail différents :
- WP01 - SIGMA Généralisation : d'autres maladies animales et populations cibles seront couvertes par le cadre SIGMA.
- WP02 - Extension de SIGMA : un nouveau modèle de données sera conçu pour la collecte de données sur le bien-être des animaux, interopérable avec les données sur la population animale et les résultats des tests de laboratoire.
- WP03 - Amélioration de SIGMA EST : l'outil de cartographie sera amélioré afin d’optimiser l'expérience des fournisseurs de données lors de la soumission des données à l'EFSA, et de nouvelles fonctionnalités seront ajoutées (par exemple, une étape de validation avant la soumission à l'EFSA pour vérifier la conformité avec les règles commerciales).
- WP04 - SIGMA M2M : le processus de soumission des données sera entièrement automatisé (de machine à machine).
- WP05 - SIGMA Kaleidoscope : une interface unique pour la visualisation des données soumises dans le cadre SIGMA permettra aux utilisateurs d'explorer, de visualiser et de créer des rapports basés sur les données disponibles soumises à l'EFSA.
Boîte à outils
Modèles de données SIGMA
- Modèle de données sur le bétail/la population animale
- Modèle de données de laboratoire sur les maladies animales
Cartes nationales SIGMA
Flux de données nationales SIGMA
SIGMA EST
Publiés
Voir aussi
- Enetwild | Project to collect information on the geographical distribution, abundance and structure…
- EuFMDiS | European Commission for the Control of Foot-and-Mouth Disease
- EuFMD | Food and Agriculture Organization of the United Nations
- EURING | Coordinating bird ringing across Europe
- Virtual issue: Data sources on animal diseases in European Union Member States