Sequenziamento dell’intero genoma in ambito di sicurezza alimentare: aggiornamento sullo stato dell’arte

L'EFSA ha pubblicato due rapporti che forniscono un quadro delle modalità con cui la tecnica del sequenziamento dell’intero genoma L'intero patrimonio genetico presente nelle cellule degli organismi viventi (WGS) può essere utilizzata in ambito di sicurezza alimentare e in che misura tale tecnica è in uso in Europa.

Il WGS, utilizzato sempre più di frequente nei laboratori di sanità e sicurezza alimentare pubblica, viene però utilizzato in modi diversi in Paesi diversi e per scopi diversi.

Indagine sull'uso del WGS

I risultati di un'indagine condotta dall'EFSA e dalla Commissione europea nel 2016 in tema di use of WGS for food- and waterborne pathogens isolated from animals, food, feed and their environment in EU/EFTA countries riportano che:

• Alla fine del 2016 il WGS era già utilizzato nei laboratori di 17 Paesi su 30.
• Il motivo fondamentale per cui non si utilizza il WGS è l’assenza di specifiche competenze e risorse finanziarie.
• Il WGS è stato utilizzato principalmente come ausilio per indagini su focolai epidemici.

Progetto ENGAGE

La relazione conclusiva del progetto “Establishing next generation sequencing ability for genomics analysis in Europe” (ENGAGE) riporta una descrizione di tutte le principali tappe raggiunte, tra cui la messa a disposizione delle sequenze di batteri nel pubblico dominio, pubblicazioni scientifiche, analisi comparative, laboratori, corsi di formazione, e materiali per l'apprendimento online.

Obiettivo del progetto, cofinanziato dall'EFSA, è stato quello di incrementare la cooperazione scientifica tra i laboratori europei per utilizzare il WGS in ambito di sicurezza alimentare e tutela della salute pubblica.

Tutti i contenuti prodotti possono essere reperiti nel rapporto e nel sito web ENGAGE.