Joint ECDC‐EFSA Rapid Outbreak Assessment
External Scientific Report
Molekulare Typisierung
Die molekulare Typisierung von Mikroorganismen, auch bekannt als mikrobieller Fingerabdruck bzw. mikrobielles Fingerprinting, hat in den letzten Jahren eine enorme Entwicklung erfahren.
Die Typisierung von durch Lebensmittel übertragbaren Pathogenen (krankheitserregenden Mikroorganismen) wie Salmonella, Listeria, E. coli und Campylobacter hilft bei der Identifizierung der spezifischen Stämme, die für lebensmittelbedingte Ausbrüche verantwortlich sind, sowie bei der Erkennung neu auftretender Gesundheitsbedrohungen. Durch Ermittlung der Verbindung zwischen spezifischen Stämmen und spezifischen Lebensmitteln ist es möglich, die Rolle verschiedener Lebensmittel in Bezug auf Infektionen beim Menschen abzuschätzen. Dies bezeichnet man als „Quellenzuordnung“.
Diese Technik wurde bereits bei vielen Gelegenheiten eingesetzt. Während des Ausbruchs Shiga-Toxin produzierender E. coli im Jahr 2011 etwa, bei dem es zu 4 000 Fällen mit über 50 Toten kam, spielte die molekulare Typisierung eine zentrale Rolle bei der Identifizierung der Fälle und dem Nachweis, dass der gleiche Stamm Subtyp eines Mikroorganismus, der durch seine genetische Zusammensetzung definiert ist; im Falle von Escherichia coli O157 beispielsweise bezieht sich der Teil „O157“des Namens auf den Stamm. für die deutschen und französischen Cluster verantwortlich war.
Meilensteine
2022
Juli
Auf Ersuchen der Europäischen Kommission richtet die EFSA eine Plattform für die Sammlung und Analyse von Whole Genome Sequencing (WGS)-Daten zu Salmonellen, Listeriamonocytogenes und Escherichiacoli in Lebensmitteln und Tieren ein. Die plattform ist für die zuständigen nationalen Organisationen im Bereich der Lebensmittelsicherheit zugänglich, die Daten aus der jährlichen Überwachung lebensmittelbedingter Krankheiten hochladen werden. Sie wird mit dem entsprechenden Datenerfassungssystem des ECDC zusammenarbeiten.
Die Plattform wird die Arbeit der EFSA und des ECDC bei der schnellen Bewertung von Krankheitsausbrüchen unterstützen und letztlich zum Schutz der europäischen Verbraucher beitragen
2019
Dezember
Experts evaluate the possible use of whole genome sequencing and metagenomics to investigate foodborne outbreaks, in source attribution analysis and microbiological risk assessment. They also analyse the advantages and limitations of next generation sequencing-based methodologies for characterising Salmonella and STEC and detecting antimicrobial resistance genes in bacteria.
Mai
Nach einem Ersuchen der Kommission bieten die EFSA und das Europäische Zentrum für die Prävention und die Kontrolle von Krankheiten (ECDC) technische Unterstützung bei der Erhebung und Analyse von Daten, die mittels Gesamtgenomsequenzierung (Whole Genome Sequencing – WGS) erhalten wurden. Die Sachverständigen bewerten den Entwicklungsstand bereits vorhandener Tools und ermitteln die Bedürfnisse und Anforderungen, denen das gemeinsame EFSA-ECDC-Datenerhebungssystem gerecht werden muss.
2018
Juni
Die Europäische Kommission und die EFSA veröffentlichen mit Unterstützung der Referenzlabore der Europäischen Union (EURL) einen Bericht über eine Befragung zu den wichtigsten durch Lebensmittel übertragbaren Pathogenen unter den EU/EFTA-Labornetzwerken. Die Befragung dient dazu, Informationen über die Fähigkeit zur Gesamtgenomsequenzierung der Lebensmittelanalytik- und Veterinärlabore in den Ländern der EU und der Europäischen Freihandelsassoziation (EFTA) zusammenzutragen.
2014
August
Evaluiert die EFSA evaluiert die EFSA die Anforderungen für die Konzipierung von Maßnahmen im Rahmen der Überwachung von durch Lebensmittel übertragbaren Krankheitserregern im Falle der Anwendung molekularer Typisierungsmethoden. Die Sachverständigen befassen sich auch mit den Anforderungen an eine harmonisierte Datenerhebung und -analyse, die den Vergleich von Trends im Zeitverlauf bzw. zwischen geografischen Gebieten ermöglicht.
Juni
Rund 90 führende Wissenschaftler, Risikobewerter, politische Entscheidungsträger und Risikomanager, die auf dem Gebiet lebensmittelbedingter Zoonosen tätig sind, nehmen an einem wissenschaftlichen Kolloquium der EFSA teil, um den Einsatz der Gesamtgenomsequenzierung von durch Lebensmittel übertragbaren Krankheitserregern zum Schutz der öffentlichen Gesundheit zu diskutieren.
2013
Dezember
Die EFSA überprüft molekulare Typisierungsmethoden, die bei Salmonella, Campylobacter, Shiga-Toxin produzierenden E. coli und Listeria monocytogenes angewendet werden.
Die Sachverständigen bewerten die Methoden anhand spezifischer Kriterien: ihrer Diskriminierungsfähigkeit (d.h. der Fähigkeit, zwischen Pathogenen zu unterscheiden), ihrer Reproduzierbarkeit und ihrer Tauglichkeit für eine internationale Harmonisierung. Sie beurteilen auch ihre Eignung im Hinblick auf verschiedene Anwendungsgebiete im Bereich der öffentlichen Gesundheit – wie etwa die Erkennung und Untersuchung eines Ausbruchs, die Abschätzung des Beitrags verschiedener Quellen zu Erkrankungen und die Vorhersage, welche Stämme eine Epidemie Verbreitetes Auftreten einer Infektionskrankheit in einer Gemeinschaft zu einem bestimmten Zeitpunkt. auslösen könnten.
Rolle der EFSA
Die EFSA stellt Tools und Datenbanken bereit, um die Erhebung von Daten bezüglich der molekularen Typisierung von durch Lebensmittel übertragbaren Krankheitserregern in Lebensmitteln und bei Tieren zu unterstützen. Letztlich hilft die Arbeit der EFSA im Bereich lebensmittelbedingter Krankheiten Entscheidungsträgern in der Europäischen Union dabei, Leitlinien festzulegen und Maßnahmen zum Schutz der Verbraucher zu ergreifen.
Die EFSA koordiniert die Erhebung von Daten bezüglich molekularer Typisierungen, die mit herkömmlichen Methoden (Pulsfeld-Gelelektrophorese oder PFGE) an Lebensmittel- und Tierisolaten von Salmonella, Listeria monocytogenes und Shiga-Toxin produzierenden E. coli (STEC) erhalten und von nationalen Referenzlaboratorien und anderen amtlichen Laboren vorgelegt wurden.
Das ECDC führt die Erhebung entsprechender Daten aus Untersuchungen an Isolaten von Menschen durch. Die Daten aus dem Lebensmittelsektor, dem Veterinär- und dem Gesundheitswesen werden harmonisiert.
Nach ihrer Einreichung werden die Daten validiert und in einer gemeinsamen Datenbank von ECDC und EFSA zusammengeführt, so dass eine gemeinsame Analyse von aus Menschen sowie aus anderen Quellen stammenden Isolaten möglich ist.
EU-Rechtsrahmen
Die Europäische Kommission hat ein Zukunftskonzept zur Entwicklung von Datenbanken für die molekulare Untersuchung von durch Lebensmittel übertragbaren Pathogenen erstellt, um für künftige Ausbrüche besser gerüstet zu sein. EFSA, ECDC und die Referenzlabore der Europäischen Union lieferten Beiträge zu diesem Papier, das auf EU- und nationaler Ebene den Rahmen für die Arbeit in diesem Bereich absteckt.