Tipizzazione molecolare

La tipizzazione molecolare dei microrganismi, nota anche come fingerprinting microbico, ha conosciuto un rapido sviluppo negli ultimi anni. 

La tipizzazione degli agenti patogeni (ovvero che provocano malattie) di origine alimentare, quali Salmonella, Listeria, E. coli e Campylobacter contribuisce all’individuazione dei ceppi responsabili di focolai infettivi di origine alimentare e delle minacce sanitarie emergenti. Stabilendo un nesso tra determinati ceppi e specifiche tipologie di alimenti è possibile stimare il ruolo dei diversi alimenti nelle infezioni umane, processo noto come “attribuzione delle fonti”.

Tale processo è stato illustrato in diverse occasioni. Durante il focolaio di E. coli produttore della tossina Shiga del 2011, che ha provocato 4 000 casi di infezione e oltre 50 decessi, la tipizzazione molecolare ha rivestito un ruolo essenziale nell’individuazione dei casi, consentendo di dimostrare che lo stesso ceppo era responsabile dei cluster di casi in Germania e in Francia. 

Dalla fine del 2014 l’EFSA, in collaborazione con i laboratori di riferimento dell’Unione europea, è capofila per la raccolta dei dati derivanti dalla tipizzazione molecolare di patogeni riscontrati in alimenti e animali. Sul lungo termine l’EFSA gestirà la banca dati contenente le informazioni trasmesse dai laboratori di riferimento nazionali. 

La Commissione europea ha chiesto all’EFSA di fornire supporto tecnico per la raccolta dei risultati della tipizzazione molecolare di isolati in alimenti e animali di Salmonella, Listeria monocytogenes ed E. coli produttore della tossina Shiga. L’EFSA ha lavorato a stretto contatto con i laboratori di riferimento dell’Unione europea, al fine di sviluppare procedure armonizzate che consentano l’interpretazione e l’analisi di dati ottenuti tramite metodiche diverse.

Il Centro europeo per la prevenzione e il controllo delle malattie (ECDC) sta svolgendo un lavoro analogo per gli isolati umani.

I sistemi in essere per la tipizzazione dei dati provenienti da alimenti, da animali e dall’uomo sono compatibili e complementari. Ciò consente l’analisi congiunta utilizzando entrambe le banche dati.

Nel dicembre 2013 il gruppo di esperti scientifici sui pericoli biologici dell’EFSA ha analizzato i metodi di tipizzazione molecolare applicati a Salmonella, Campylobacter, produttore della tossina Shiga e  Listeria monocytogenes.

Gli esperti hanno valutato detti metodi sulla base di criteri specifici: capacità di discriminazione (cioè la capacità di distinguere tra i diversi patogeni), riproducibilità e idoneità all’armonizzazione a livello internazionale. Ne hanno valutato inoltre l’adeguatezza in diverse applicazioni in materia di salute pubblica, quali la rilevazione e l’indagine dei focolai infettivi, stimando il contributo delle varie fonti all’insorgenza di malattie e prevedendo quali ceppi possono causare epidemie.

Il gruppo di esperti scientifici è giunto alla conclusione che non vi sono attualmente metodi di tipizzazione per i patogeni di origine alimentare in grado di soddisfare tutti i criteri. Per ottenere il risultato desiderato spesso si usano diversi metodi in combinazione tra loro, a seconda dal patogeno e dall’applicazione oggetto della ricerca.

Nell’agosto 2014 l’EFSA ha valutato i criteri per la progettazione di attività di sorveglianza dei patogeni di origine alimentare quando vengano applicati metodi di tipizzazione molecolare. Gli esperti hanno inoltre esaminato i requisiti per una raccolta e analisi armonizzate dei dati, necessarie per confrontare le tendenze nel tempo e nelle varie aree geografiche. 

Sequenziamento dell’intero genoma (WGS)

Nel giugno 2014 circa 90 autorevoli scienziati, valutatori del rischio, responsabili delle politiche e gestori del rischio, operanti nel campo delle zoonosi di origine alimentare, hanno partecipato a un colloquio scientifico dell’EFSA per dibattere del ricorso al sequenziamento dell’intero genoma dei patogeni alimentari per la tutela della salute pubblica. 

I partecipanti hanno discusso dei vantaggi e delle criticità correlati all’uso del WGS per la salute pubblica, dell’analisi e interpretazione dei dati del WGS e dell’uso integrato di queste tecniche nei settori alimentare, veterinario e della salute umana. 

L’EFSA mette a disposizione gli strumenti e le banche dati per agevolare la raccolta dei dati sulla tipizzazione molecolare dei patogeni di origine alimentare in alimenti e animali. In definitiva, il lavoro dell’EFSA nel campo delle malattie di origine alimentare aiuta le istanze decisionali nell’Unione europea a definire le politiche e ad adottare misure per la tutela dei consumatori. 

La Commissione europea ha redatto un documento programmatico sullo sviluppo di banche dati per i test molecolari sui patogeni di origine alimentare, in vista della preparazione a possibili focolai infettivi. L’EFSA, l’ECDC e i laboratori di riferimento dell’Unione europea hanno contribuito alla redazione del documento, che definisce il contesto per il lavoro in questo campo a livello UE e nazionale.