Collecte de données sur les maladies animales

L’EFSA est régulièrement sollicitée par la Commission européenne pour fournir une assistance scientifique et technique afin de réaliser l’analyse épidémiologique des foyers épidémiques de maladies animales – telles que la peste porcine africaine, la dermatose nodulaire contagieuse ou la grippe aviaire – ou pour communiquer et évaluer les données de surveillance (par exemple sur Echinococcus multilocularis ou la grippe aviaire).

En réponse à ces demandes d'assistance, au cours de ces dernières années, l'EFSA a procédé à plusieurs collectes de données et rassemblé des informations sur les foyers épidémiques de maladie, sur les activités de surveillance et sur les populations animales (volailles, porcs domestiques, bovins et animaux sauvages tels que les sangliers).

L’expérience acquise dans le cadre de ces activités a conduit l’EFSA à réévaluer la manière dont les données sur les populations et les maladies animales sont collectées en vue d’optimiser ce processus.

Actuellement, les modèles de données de l'EFSA ne sont pas complètement harmonisés, sa banque de données n'est pas connectée au système de notification des maladies animales (ADNS) de la Commission européenne et la soumission et la validation des données ne sont pas automatisées, ce qui implique une charge de travail importante tant pour l’EFSA que pour les États membres notificateurs.

C’est pour cette raison que l’EFSA a mis en place le projet SIGMA, avec l’objectif d'harmoniser les modèles de données et de réorganiser les processus de soumission, de validation, d'analyse et de compte-rendu des données.

Qu'est-ce que le projet SIGMA ?

Le projet SIGMA vise à :

  • réduire la quantité de données soumises manuellement à l'EFSA par les États membres en mettant en place des procédures automatisées,
  • éviter les doubles notifications envoyées à l'EFSA et éventuellement à d'autres systèmes,
  • fournir aux États membres des instruments pour produire automatiquement des rapports nationaux sur la santé des animaux et sur la surveillance des maladies animales dans un environnement protégé (connexions sécurisées, identifiants de connexion),
  • renforcer la qualité et la comparabilité des données notifiées par les États membres,
  • raccourcir le temps nécessaire pour extraire les données les plus récentes pertinentes pour l'évaluation du risque.

Ce projet est mis en œuvre par un consortium d’organismes dirigé par l'Istituto Zooprofilattico Sperimentale (IZS) Abruzzes et Molises « G. Caporale », en partenariat avec l'Institut Friedrich Loeffler (FLI), l'Institut national vétérinaire de Suède (SVA), l'Agence bulgare de sécurité des aliments et l'Institut de médecine vétérinaire et de sciences animales de l'Université estonienne des sciences de la vie.

Le projet SIGMA sera mis en œuvre en trois phases :

Phase 1

Les objectifs principaux de la première phase sont les suivants :

  • Concevoir un modèle de données harmonisé – modèle de données sur les maladies animales « SIGMA » σ-ADM – qui comprendra une section sur les populations animales et une section sur les résultats de laboratoire.
  • Fournir un aperçu complet au niveau des États membres (fiches pays) des institutions chargées de la collecte de données relatives à la santé des animaux et aux populations animales.

Phase 2

La deuxième phase sera consacrée à la mise en œuvre du cadre de travail avec les États membres qui se sont portés volontaires pour participer au projet pilote. Cette phase se concentrera sur les données relatives à la grippe aviaire (GA) et à la peste porcine africaine (PPA). Éléments principaux :

  • Soutenir les États membres volontaires en concevant des processus d'extraction, de traitement et de chargement des données (processus ETC) permettant de sélectionner, de transformer et de transmettre les données nationales pertinentes conformément au σ-ADM.
  • Rapports de surveillance sur la grippe aviaire : assister la transition depuis le système de la Commission européenne vers le cadre de collecte de données (CCD) de l'EFSA.
  • Peste porcine africaine : intégration de la collecte des données sur les foyers épidémiques de PPA.
  • Populations porcines et avicoles : assistance dans l'établissement de flux de données à l'intérieur et à l'extérieur des États membres volontaires.
  • Outils analytiques interactifs en ligne : étude de cas préliminaire sur la connexion d'outils à la banque de données de l'EFSA pour l'analyse des foyers épidémiques de PPA et de GA, et mise à disposition des comptes-rendus aux pays soumettant des données.

Phase 3

Le projet sera finalisé avec la collecte des données et leur stockage dans la banque de données de l’EFSA. En particulier :

  • Processus ETC : mise en œuvre des processus permettant de sélectionner, de transformer et de transmettre les données nationales pertinentes conformément au σ-ADM dans les États membres volontaires.
  • Rapport final sur la qualité des données collectées au moyen du cadre SIGMA.
Data Sources on Animal Diseases in EU Member States
Data Sources on Animal Diseases in EU Member States
 

FAQ

1. Qu'est-ce que SIGMA ?

L'objectif du projet SIGMA est d'optimiser la soumission à l'EFSA des données sur les populations animales et la surveillance des maladies provenant des États membres de l'UE et des pays voisins. Cette approche permettra de produire une base de données cohérente, harmonisée et structurée sur les maladies animales telles que la peste porcine africaine, la grippe aviaire ou la dermatose nodulaire contagieuse.

En savoir plus ici.

2. Qui peut être partenaire de ce projet ?

Les notificateurs de données telles que les autorités vétérinaires des États membres ou des pays voisins (par exemple, les pays en phase de pré-adhésion), les instituts universitaires ou les laboratoires centraux ont la possibilité de participer à ce projet. En mai 2019, 10 pays – Autriche, Espagne, Italie, Croatie, Roumanie, Bulgarie, Estonie, Grèce, Suède et Islande – étaient impliqués.

3. Quels sont les avantages du modèle SIGMA ?

  • Minimiser la charge de travail des notificateurs lors de la soumission des données, grâce à une extraction et une normalisation accélérée et automatisée des données.
  • Possibilité d'utiliser les données soumises pour produire des rapports pour la Commission européenne et à des fins nationales. Le rapport sur E. multilocularis est un exemple qui illustre ce projet.
  • Capacité pour l’EFSA de produire un retour d'information pertinent en temps utile aux gestionnaires du risque (États membres, autres pays et Commission européenne).
  • Améliore la qualité des résultats de l'EFSA (permet par exemple une analyse des facteurs de risque basée sur des métadonnées normalisées au niveau individuel de chaque exploitation agricole).

4. Quels sont les défis liés à ce projet ?

Le principal obstacle à surmonter réside dans les approches distinctes adoptées par différents pays en matière de politique de partage des données, de dictionnaires des données (définitions des variables) – par exemple classification des espèces de population animale et des types de production animale – et d’infrastructure informatique.

5. Quelles sont les maladies animales ciblées par le projet SIGMA ?

Au cours de la phase pilote initiale, des données seront collectées sur la peste porcine africaine, la grippe aviaire et la dermatose nodulaire contagieuse. D'autres maladies et populations animales pourraient être couvertes à l'avenir.

6. Quel type de données sont collectées ?

  • Des données sur les populations animales (par exemple, volaille, porcs, bovins): notamment l’emplacement de la ferme, sa taille, les espèces animales, le type de production, etc.
  • Des données de surveillance sur la grippe aviaire, la peste porcine africaine et la dermatose nodulaire contagieuse, lorsque les principaux champs variables se rapportent aux données de laboratoire (identifiant de l'échantillon, type d'échantillon, date de prélèvement et d'analyse, test de diagnostic utilisé, résultats, etc.).
  • L'EFSA collecte des données sur mandat de la Commission européenne. SIGMA constitue un cadre qui permet aux États membres d'envoyer ces données à l'EFSA d'une manière normalisée et simplifiée.

7. Quelle est la résolution de données requise ?

Les données de surveillance peuvent être fournies au niveau de l'échantillon ou sous forme de données « globalement agrégées », c'est-à-dire indiquant uniquement le niveau de résolution souhaité (par ex. niveau NUTS3 au lieu des coordonnées x-y). Les données relatives à la population peuvent être fournies au niveau de la ferme (exploitation) et/ou au niveau d'un seul animal (lorsque cela est opportun) à l’échelle de précision souhaitée (par exemple, niveau NUTS3 au lieu des coordonnées x-y).

8. Qu'advient-il des données une fois soumises à l'EFSA dans le cadre du projet SIGMA ?  

Toutes les données soumises à l'EFSA, une fois validées par l'État membre, sont stockées dans la banque de données scientifiques de l'EFSA. Les données sont ensuite utilisées par l’EFSA pour réaliser des évaluations du risque. Le résultat de l'évaluation du risque est partagé avec le notificateur de données afin d'assurer une cohérence avant la publication.

9. Dans quelle mesure les données sont-elles protégées une fois soumises à l'EFSA ?

Avant la publication d'une évaluation des risques, les données ne sont accessibles à personne d'autre qu'à l'EFSA. Après publication, conformément à la politique de transparence de l'EFSA, les données sont potentiellement disponibles pour une consultation sur demande. Néanmoins, les données que le notificateur considère comme confidentielles ainsi que les données couvertes par la législation sur la protection des données (par exemple, les coordonnées géographiques d'une ferme) ne seront pas divulguées.

10. Quelles sont les conditions pour qu'un pays s'implique dans SIGMA en termes de personnel, de structures informatiques et de système de gestion de données en place ?

Aucune condition particulière n'est requise : le consortium SIGMA réalisera d'abord une analyse du flux de données au niveau national.

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