L'EFSA est chargée d'analyser les données sur les maladies zoonotiques (infections et maladies transmissibles entre l’animal et l’homme), sur la résistance aux antimicrobiens et sur les foyers de toxi-infections alimentaires à travers l'UE.
En conformité avec la réglementation européenne, ces données sont communiquées chaque année par les États membres.
L’EFSA publie, en collaboration avec le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), des rapports de synthèse communautaires annuels basés sur ces données.
L’EFSA procède également à l’analyse des enquêtes de référence à l’échelle de l’UE sur des agents zoonotiques tels que Salmonella, Campylobacter et Listeria chez l'animal et dans l’alimentation, ainsi qu’à l’analyse des enquêtes sur la résistance aux antimicrobiens. Ces enquêtes sont à présent complètement harmonisées à l’échelle de l’UE et fournissent par conséquent des valeurs comparables pour tous les États membres. Les résultats des enquêtes sont exploités par la Commission européenne pour fixer des objectifs communautaires de réduction, ou encore pour évaluer si des mesures sont nécessaires à l’échelle de l’UE.
L’EFSA a également publié plusieurs rapports fournissant des recommandations aux États membres sur la surveillance et le signalement des maladies zoonotiques, des phénomènes de résistance aux antimicrobiens et de l'apparition de foyers de toxi-infection alimentaire.
