Typage moléculaire

Le typage moléculaire des microbes, que l’on appelle aussi analyse de l’empreinte microbienne, a connu un développement rapide ces dernières années.

Le typage des agents pathogènes (agents «causant des maladies») d’origine alimentaire tels que Salmonella, Listeria, E. coli et Campylobacter permet d’identifier les souches particulières qui sont responsables de foyers de toxi-infections alimentaires, et de détecter de nouvelles menaces pesant sur la santé. En établissant un lien entre des souches particulières et des types particuliers de denrées alimentaires, il est possible d’évaluer le rôle des différents aliments dans les infections humaines. Cette approche est connue sous le nom d’«attribution des sources».

Son intérêt s’est illustré en de maintes occasions. Lors du foyer épidémique de 2011 causé par la bactérie E. coli productrice de shigatoxines, à l’origine de 4 000 cas et de plus de 50 décès, le typage moléculaire a joué un rôle déterminant dans l'identification des cas et a permis de démontrer qu’une seule et même souche était responsable des foyers épidémiques survenus en Allemagne et en France.

Depuis la fin 2014, l’EFSA mène un projet pilote de collecte de données de typage moléculaire à partir de souches bactériennes isolées dans les aliments et chez les animaux, de concert avec les laboratoires de référence de l’Union européenne. À long terme, l’EFSA aura en charge la gestion de la base de données contenant les informations soumises par les laboratoires nationaux de référence.

La Commission européenne a demandé à l’EFSA d’apporter son appui technique pour collecter les résultats du typage moléculaire des isolats d’origine alimentaire et animale de Salmonella, Listeria monocytogenes, et E. coli. productrice de shigatoxines. L’EFSA a travaillé en étroite collaboration avec les laboratoires nationaux de référence de l’Union européenne pour élaborer des protocoles harmonisés permettant l’interprétation et l’analyse des données obtenues grâce à plusieurs méthodes différentes de typage.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) réalise un travail similaire pour les isolats d’origine humaine.

Les systèmes en place pour le typage des données issues de souches alimentaires, animales et humaines sont compatibles et complémentaires, ce qui permettra de réaliser des analyses conjointes avec les deux bases de données.

En décembre 2013, le groupe scientifique de l’EFSA sur les dangers biologiques a examiné les méthodes de typage moléculaire appliquées à Salmonella, Campylobacter, productrice de shigatoxines et Listeria monocytogenes.

Les experts ont évalué ces méthodes en fonction de critères précis: leur capacité discriminatoire (aptitude à distinguer différents pathogènes), leur reproductibilité et leur capacité de faire l’objet d’une harmonisation internationale. Ils ont également évalué leur pertinence dans différentes applications en santé publique, notamment la détection et l'étude des foyers épidémiques, pour estimer la contribution des différentes sources de maladies et prédire quelles souches seraient susceptibles de causer des épidémies.

Le groupe scientifique a conclu qu’aucune méthode actuelle de typage de pathogènes d'origine alimentaire ne remplissait tous les critères. Pour obtenir le résultat requis, il est souvent nécessaire d’associer plusieurs méthodes, qui dépendent du pathogène et de l’application visée.

En août 2014, l’EFSA a évalué les critères de conception des activités de surveillance portant sur les agents pathogènes d’origine alimentaire lorsque des méthodes de typage moléculaire sont appliquées. Les experts ont également passé en revue les conditions nécessaires à une collecte et une analyse harmonisées des données, qui sont requises pour pouvoir comparer des tendances dans le temps et dans l’espace.

Séquençage du génome entier

En juin 2014, environ 90 scientifiques de renom, évaluateurs des risques, décideurs politiques et gestionnaires des risques œuvrant dans le domaine des zoonoses d’origine alimentaire ont participé à un colloque scientifique à l’EFSA pour discuter de l’utilisation du séquençage du génome entier d’agents pathogènes d’origine alimentaire dans la protection de la santé publique.

Les participants se sont penchés sur les avantages et les défis associés à l’utilisation du séquençage du génome entier pour la santé publique, l’analyse et l’interprétation des données obtenues par cette approche, et l’intégration de ces techniques dans les secteurs de l’alimentation et de la médecine humaine et vétérinaire.

L'EFSA fournit les outils et les bases de données permettant d’appuyer la collecte de données sur le typage moléculaire des agents pathogènes d'origine alimentaire présents dans les aliments et chez les animaux. À terme, les travaux de l’EFSA dans le domaine des maladies d’origine alimentaire aident les décideurs de l’Union européenne à définir des politiques et à adopter des mesures destinées à protéger les consommateurs.

La Commission européenne a rédigé un document d’orientation sur l’élaboration de bases de données destinées à l’analyse moléculaire des agents pathogènes d’origine alimentaire dans le cadre de la préparation en cas d’épidémie. L’EFSA, l’ECDC et les laboratoires de référence de l’Union européenne ont participé à la rédaction de ce document, qui définit les différents cadres de travail dans ce domaine au niveau de l’UE et au niveau national.