L’EFSA évalue les gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques dans des plantes génétiquement modifiées

L’EFSA a publié aujourd’hui une déclaration[1] qui fournit une synthèse consolidée sur l’utilisation des gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques (GMRA)[2] dans des plantes génétiquement modifiées, ainsi qu’un avis scientifique commun élaboré par les groupes scientifiques GMO et BIOHAZ de l’EFSA. D’après les informations actuellement disponibles, les deux groupes scientifiques ont conclu que, lors de l’utilisation de plantes GM, il est peu probable que le transfert des deux gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques nptII et aadA à partir de plantes génétiquement modifiées (GM) vers des bactéries engendre des effets indésirables sur la santé humaine et sur l’environnement. Les incertitudes dans cet avis scientifique sont dues aux limitations liées, entre autres, à l’échantillonnage et à la détection ainsi qu’aux défis posés par l’estimation des niveaux d’exposition et l’incapacité d’affecter les gènes de résistance transférables à une source définie. Deux membres du groupe scientifique BIOHAZ ont exprimé un avis minoritaire concernant la possibilité d’effets indésirables des gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques sur la santé humaine et l’environnement.

Dans un avis scientifique distinct, le groupe GMO a réexaminé les évaluations précédentes qu’il avait réalisées sur des plantes génétiquement modifiées contenant des GMRA à la lumière des résultats et des conclusions de l’avis scientifique commun des groupes GMO et BIOHAZ. Il a conclu que ses évaluations de risques précédentes sur l’utilisation du gène marqueur nptII dans des plantes génétiquement modifiées étaient conformes à la stratégie d’évaluation des risques décrite dans l’avis commun, et qu'aucune nouvelle preuve scientifique n'avait été apportée qui pourrait l’inviter à modifier ses avis précédents[3] concernant ces plantes GM.

Suite à l’adoption de l’avis scientifique commun des groupes GMO et BIOHAZ, l’EFSA leur a demandé si les avis minoritaires rendaient nécessaire une clarification de l’avis scientifique commun ou un travail scientifique complémentaire. Les présidents des groupes ont répondu que les opinions minoritaires avaient longuement été examinées lors de la préparation de l’avis commun et qu’aucun travail scientifique ou clarification supplémentaires n’étaient requis pour le moment.

Dans leur avis scientifique commun, les groupes GMO et BIOHAZ ont conclu qu’il n’a pas été observé que des transferts de GMRA se soient produits depuis des plantes génétiquement modifiées vers des bactéries, que ce soit dans des conditions naturelles ou en laboratoire. L’absence de séquence ADN identique entre les plantes génétiquement modifiées et les bactéries constitue le principal obstacle à la captation stable des gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques à partir des plantes génétiquement modifiées vers les bactéries.

Les groupes ont conclu que les gènes de résistance aux antibiotiques nptII et aadA sont présents à des fréquences diverses dans différentes espèces ou souches de bactéries, et dans différents environnements. Des analyses récentes de populations bactériennes globales effectuées à l’aide des technologies les plus avancées[4] ont démontré que les gènes de résistance aux antibiotiques kanamycines, néomycines et streptomycines sont présents dans tous les environnements ayant fait l’objet de recherches. La présence d’antibiotiques dans l’environnement et l’utilisation d’antibiotiques sont des facteurs clés qui activent la sélection et la dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques.

Les groupes scientifiques ont souligné certaines limitations liées, par exemple, aux échantillonnages, à la détection et à l'impossibilité d'assigner le transfert de gènes à une source définie. Les questions liées aux échantillonnages et à la détection sont des aspects techniques des expériences qui peuvent limiter la validité des résultats. En outre, il n’est pas toujours possible de déterminer précisément l’origine d’un gène MRA dans un organisme donné et d’estimer avec précision l'ampleur du phénomène[5].

En collaboration avec l’Agence européenne des médicaments (EMEA) et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), les groupes scientifiques ont également pris en compte l’importance clinique, en médecine humaine et vétérinaire, des antibiotiques envers lesquels les GMRA confèrent une résistance. Le nptII confère une résistance par rapport aux antibiotiques kanamycine et néomycine. Ces deux antibiotiques sont classés par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) comme «antimicrobiens de haute importance» (highly important antimicrobials). La kanamycine est utilisée comme antibiotique de deuxième ligne pour le traitement des infections liées à la tuberculose multi-résistante aux médicaments (MTB); la résistance croissante de la MTB à ces antibiotiques pose un problème au niveau mondial. Cependant, les groupes scientifiques ont observé que le nptII n’était pas impliqué dans la résistance à la kanamycine dans le traitement de la MTB.

Suite aux conclusions de l’avis commun des groupes GMO et BIOHAZ, le groupe GMO a également réexaminé ses avis précédents sur l’utilisation du nptII dans les plantes GM. Il a conclu, dans un avis scientifique distinct, que ses précédentes évaluations des risques sur l’utilisation du nptII dans le maïs MON 863 et ses hybrides, ainsi que dans la pomme de terre génétiquement modifiée EH92-527-1, étaient conformes à la stratégie d’évaluation des risques décrite dans l’avis commun des groupes scientifiques GMO et BIOHAZ. Le groupe GMO a également souligné qu’aucune nouvelle preuve scientifique n’avait été apportée qui le conduirait à modifier ses avis précédents sur ces plantes génétiquement modifiées.

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[1] La déclaration comprend un avis scientifique commun des groupes scientifiques GMO et BIOHAZ, un avis scientifique distinct du groupe GMO, une lettre de l’EFSA adressée aux présidents du comité scientifique et des groupes scientifiques GMO et BIOHAZ et une réponse des présidents à cette lettre.
[2] Les gènes marqueurs codant la résistance à certains antibiotiques peuvent être utilisés dans la modification génétique afin d’aider à identifier les cellules génétiquement modifiées parmi les cellules non transformées.
[3] Pour de plus amples informations: « l’EFSA fournit des conseils scientifiques sur l’utilisation des gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques dans des plantes génétiquement modifiées » du 19 avril 2004 ( ) et « le groupe scientifique GMO de l’EFSA confirme à nouveau que l’utilisation du gène nptII en tant que marqueur de sélection dans des plantes GM ne pose pas de risque pour la santé humaine, la santé animale ou l’environnement » du 13 avril 2007 ( )  
[4] Telles que la métagénomique, qui permet d’analyser des communautés microbiennes entières et évite la nécessité d’isoler et de cultiver des espèces microbiennes individuelles
[5] Par exemple, les bactéries portant le gène de résistance sont déjà naturellement présentes dans l’environnement et pourraient être la source du gène MRA que l'on retrouve dans d'autres bactéries.