Séquençage du génome entier : un instrument prometteur dans la lutte contre la RAM

L’utilisation de la technique du séquençage du génome entier est susceptible d’améliorer la surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les aliments et chez les animaux, a annoncé l’EFSA dans un nouveau rapport publié ce jour. L'EFSA suggère que ces méthodes pourraient être progressivement introduites dans les activités de surveillance des États membres, avant la révision de la législation dans ce domaine qui doit entrer en vigueur en 2021.

En utilisant le séquençage du génome entier, les experts peuvent identifier directement les gènes résistants dans les bactéries, par opposition aux méthodes phénotypiques actuelles dans lesquelles on teste la résistance des bactéries à des antibiotiques spécifiques. Cette méthode a non seulement le potentiel de prédire la RAM de manière plus efficace mais permet également de générer une grande quantité de données susceptibles d’être utilisées par la suite dans d'autres études ou analyses épidémiologiques.

Le rapport de l'EFSA note également la nécessité de surveiller la résistance aux antimicrobiens dans les fruits de mer, un sujet sur lequel les connaissances actuelles sont insuffisantes. Ceci est lié à la récente expansion de la production en aquaculture et à l'augmentation des produits de ce type importés dans l'UE.

Les experts soulignent en outre l’importance de comprendre comment la RAM apparaît et se développe dans les environnements où les aliments sont produits ou transformés – une question qui nécessite davantage d'études et sur laquelle l'EFSA commencera bientôt à travailler.

Enfin, le rapport donne des recommandations sur la taille des échantillons et préconise de surveiller la résistance à certains antibiotiques qui sont devenus pertinents pour la santé publique et qui ne font pas l’objet d’une surveillance actuellement. Cela permettra de mieux détecter d'éventuels nouveaux mécanismes de résistance. La surveillance est l’un des éléments essentiels dans la lutte contre la RAM et constitue l’une des priorités du plan d’action de l’UE sur la RAM.

L’EFSA s’est penchée sur la manière dont la surveillance de la RAM est actuellement menée dans l’UE, en tenant compte des dernières avancées scientifiques et technologiques.

Contexte

En 2017, la Commission a adopté un nouveau plan d'action européen dans le cadre de l'approche « Un monde, une santé » pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens. Ce plan d'action vise à réduire l’émergence et la propagation de la RAM et à rendre disponibles de nouveaux antimicrobiens efficaces à l’intérieur et à l’extérieur de l’UE. Dans le cadre de ce plan, la Commission s'est engagée à revoir d'ici 2021 sa décision d'application UE 2013/652 relative à la surveillance et à la notification de la RAM dans les aliments et chez les animaux.

 

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