Depuis le premier cas d’encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) signalé au Royaume-Uni en 1986, la Commission européenne (CE) a élaboré un vaste train de mesures de réduction des risques relatifs aux encéphalopathies spongiformes transmissibles (EST) afin de protéger la santé humaine de l’ESB et de contrôler, voire d’éradiquer, l’EST chez l’animal. Ce règlement (CE n° 999/2001) du Parlement européen et du Conseil fixe les règles pour la prévention, le contrôle et l’éradication de certaines EST.

L’une des mesures les plus efficaces a été l’instauration, dans l’ensemble de l’Union européenne, de l’interdiction totale d’utiliser des protéines animales transformées dans les aliments pour animaux élevés aux fins de la production alimentaire, hormis certaines exceptions (par exemple, l’emploi de farines de poisson chez les non-ruminants). Depuis 2001, une interdiction temporaire d’utiliser des farines de poisson dans l’alimentation des ruminants est en vigueur dans toute l’Union européenne (CE n° 2000/766 et 2001/9). En 2003, cette interdiction temporaire a été transformée en mesure permanente dans le cadre de la réglementation sur les EST (CE n° 999/2001). Les farines de poissons ont été interdites en raison de la difficulté de détecter les faibles quantités de protéines de ruminants dans les aliments pour animaux contenant des farines de poisson. La microscopie des aliments pour animaux est actuellement la seule méthode officiellement reconnue par la Commission européenne pour détecter la présence de protéines animales dans la nourriture pour animaux. Une révision du règlement (CE) n° 999/2001 est prévue; le projet de révision actuel autorise l’utilisation des farines de poisson dans l’alimentation des jeunes ruminants et introduit un seuil de tolérance pour les farines de poisson utilisées dans l’alimentation du bétail adulte dans des conditions strictes. L’éventuelle levée de cette interdiction temporaire des farines de poisson dans l’alimentation des ruminants doit être justifiée par (1) une évaluation scientifique des risques indiquant s’il existe ou non un risque de transmission de l’ESB aux ruminants via les farines de poisson et (2) la mise au point d’une méthode validée permettant la détection, l’identification et la discrimination, jusqu’aux niveaux d’espèce mammifères, de la présence de farines de viande et d’os des mammifères dans les aliments pour ruminants, même en présence de farines de poisson dans le même aliment.

En octobre 2004, le Parlement européen a adopté une résolution demandant à la Commission de retirer son projet de règlement modifiant l’annexe IV du règlement (CE) n° 999/2001 du Parlement européen et du Conseil pour ce qui concerne l’alimentation des animaux (SANCO/3027/2004), estimant que l'utilisation de farines de poisson pour l'alimentation des ruminants n'est pas compatible avec l'obligation imposée à la Communauté par l'article 152, paragraphe 1, du traité CE et que le niveau de protection de la santé publique ne peut être abaissé. L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et son groupe scientifique sur les risques biologiques ont été invités par le Parlement européen à émettre un avis sur la situation actuelle au regard des risques pour la santé liés à l’alimentation des ruminants avec des farines de poisson en ce qui concerne le risque d’EST ainsi que ses conséquences négatives éventuelles en termes de santé publique.

Les experts du groupe scientifique sur les risques biologiques ont conclu que s’il existe un quelconque risque d’EST dans les farines de poisson, ce risque pourrait résulter de l’alimentation des poissons avec des aliments dérivé des mammifères ou de la contamination de la nourriture de poissons par des farines de viande et d’os. Si la réintroduction des farines de poisson dans la chaîne alimentaire devait être autorisée, en termes de santé publique, il subsisterait des inquiétudes quant à la prévention de la contamination croisée par les farines de viande et d’os. Le risque d’EST reste faible pour les poissons, que ce soit directement ou par amplification de l’infectiosité. Des progrès considérables sont réalisés dans le domaine des tests de détection des farines de viande et d’os dans les aliments pour animaux, grâce à la PCR qui permet de repérer les traces d’ADN spécifiques aux espèces dans les protéines animales traitées thermiquement. Les progrès réalisés dans les tests mis au point et la combinaison de plusieurs tests permettent à présent de mieux détecter et différencier les farines de viande et d’os y compris jusqu’au niveau de l’espèce; néanmoins, il n’existe encore aucune méthode fiable à 100 %. À la suite de ces conclusions, plusieurs recommandations visant à approfondir les recherches ont été émises.