Présentation consolidée de l’avis scientifique commun des groupes scientifiques GMO et BIOHAZ sur «l’utilisation de gènes de résistance aux antibiotiques comme gènes marqueurs dans des plantes génétiquement modifiées» et de l’avis du groupe scientifique GMO sur «les conséquences de l’avis sur l’utilisation de gènes de résistance aux antibiotiques comme gènes marqueurs dans des plantes génétiquement modifiées sur les évaluations antérieures de l’EFSA de plantes GM» [1]

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Résumé

Le résumé qui suit est une synthèse consolidée de l’avis scientifique commun des groupes scientifiques GMO et BIOHAZ sur «l’utilisation de gènes de résistance aux antibiotiques comme gènes marqueurs dans des plantes génétiquement modifiées» adopté le 26 mars 2009 et de l’avis du groupe scientifique GMO sur les «conséquences l’avis sur l’utilisation de gènes de résistance aux antibiotiques comme gènes marqueurs dans des plantes génétiquement modifiées sur les évaluations antérieures de l’EFSA de plantes GM» adopté le 25 mars 2009.

Suite à une demande de la Commission européenne adressée à l’Autorité de sécurité des aliments (EFSA), le groupe scientifique sur les organismes génétiquement modifiés (GMO) et le groupe scientifique sur les risques biologiques (BIOHAZ) ont été invités à rendre un avis scientifique commun sur l’utilisation de gènes de résistance aux antibiotiques comme gènes marqueurs dans des plantes génétiquement modifiées (GM). Cet avis doit tenir compte de l’avis précédent et de la déclaration du groupe scientifique GMO sur l’utilisation de gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques dans des plantes (GM) destinées à être commercialisées ou déjà autorisées et sur leurs éventuelles utilisations comme denrées alimentaires et aliments pour animaux, pour l’importation, la transformation et la culture. Il a été demandé si l’avis pouvait expliquer le raisonnement amenant à conclure que l’utilisation de chaque gène marqueur particulier de résistance à des antibiotiques est susceptible ou non d’avoir des effets nocifs sur la santé humaine et sur l’environnement et d’exposer le raisonnement conduisant à chacune des conclusions. L’avis doit aussi servir de base à l’évaluation de la sécurité au cas par cas pour chaque plante GM et les produits de sa transformation.

Les caractères de résistance aux antibiotiques tels qu’ils sont présents dans les plantes GM et/ou leurs produits dérivés sont évalués au cas par cas en ce qui concerne leur sécurité pour l’homme, les animaux et l’environnement par le groupe scientifique GMO, conformément aux principes scientifiques exposés dans la directive 2001/18/CE du Parlement européen et du Conseil (CE, 2001) et détaillés dans les documents d’orientation de l’EFSA (EFSA, 2006) régulièrement mis à jour. L’évaluation est basée sur des preuves moléculaires, biochimiques, toxicologiques et environnementales.

L’avis commun des groupes scientifiques GMO et BIOHAZ (annexe 1) porte sur les deux gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques présents dans les plantes GM pour lesquelles une demande a été soumise à l’EFSA. L’un d’eux est fonctionnel dans la plante (aph(3’)-IIa = nptII, résistance à la kanamycine/néomycine); l’autre gène (ant-(3’’)-Ia = aadA, résistance à la streptomycine/spectinomycine) n’est pas exprimé dans les plantes GM, car l’expression est régulée par un promoteur bactérien qui est inactif dans les plantes. Ce second gène est utilisé au cours des premières étapes pour développer les constructions génétiques avant leur introduction dans la plante. Une synthèse de la littérature scientifique pertinente est donnée et une évaluation qualitative des risques est fournie. Alors qu’une évaluation détaillée des gènes  aph(3’)-IIa et ant-(3’’)-Ia est incluse dans les appendices, l’avis en soi traite spécifiquement des risques indirects.
À partir de l’ensemble des preuves recueillies, les deux groupes scientifiques ont tiré les conclusions ci-dessous.

Il n’a pas été montré qu’un transfert de gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques à partir de plantes (GM) vers des bactéries avait eu lieu, que ce soit dans des conditions naturelles ou en laboratoire, en l’absence de séquence d’ADN identique dans la cellule bactérienne hôte. Une séquence d’ADN identique est nécessaire pour permettre une recombinaison homologue entre l’ADN transformé dans la plante et l’ADN bactérien.

Le transfert d’ADN depuis des plantes GM vers des bactéries, pour autant qu’il se produise, est considéré comme étant peu fréquent, comparé au transfert de gènes entre bactéries.

De récentes analyses métagénomiques de populations bactériennes entières (y compris de bactéries non cultivables) ont montré que les déterminants de la résistance à la kanamycine, la néomycine et la streptomycine sont présents dans tous les environnements ayant fait l’objet de recherches. Ces gènes de résistance peuvent être sélectionnés à partir de ce réservoir environnemental et disséminés dans les bactéries.

Les gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques, aph(3’)-IIa (nptII) et ant(3’’)-Ia (aadA), présents dans les plantes GM sont d’origine bactérienne. Ces gènes de résistance aux antibiotiques sont présents à des fréquences diverses dans différents isolats et espèces de bactéries et dans différents environnements, dans des bactéries présentes naturellement. La relation spatio-temporelle entre la prévalence de la résistance aux antibiotiques et la pression de sélection n’est pas entièrement comprise.

La présence d’antibiotiques et l’utilisation d’antibiotiques dans différents environnements sont des facteurs clés qui activent la sélection et la dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques.

La kanamycine et la néomycine sont toutes deux classées par le groupe d’experts de l’OMS sur les antimicrobiens d’importance critique pour la santé humaine comme «antimicrobiens de haute importance». La kanamycine est utilisée comme médicament de seconde intention pour le traitement d’infections associées à la tuberculose multi-résistante aux médicaments (MTB). La fréquence croissante partout dans le monde d’isolats de «tuberculose ultra-résistante» (XTB, extensively drug-resistant), avec une résistance aux antibiotiques de seconde intention tels que la kanamycine, pose un problème au niveau mondial. Le gène nptII, n’est pas impliqué dans cette résistance. Le groupe de l’OMS susmentionné a également classé la streptomycine comme «antimicrobien d’importance critique» et la spectinomycine comme «antimicrobien de haute importance».

Il y a des limitations liées, entre autres, à l’échantillonnage et à la détection, ainsi qu’aux défis que représentent l’estimation des niveaux d’exposition et l’incapacité d’affecter les gènes de résistance transférables à une source définie. Il convient de souligner l’importance que revêtent ces incertitudes ainsi que d’autres décrites dans cet avis.

En dépit de ces incertitudes, l’état actuel des connaissances indique qu’il est peu probable qu’il y ait des effets nocifs sur la santé humaine et sur l’environnement résultant du transfert de ces deux gènes de résistance aux antibiotiques à partir de plantes GM vers des bactéries, liés à l’utilisation de plantes GM.
Deux membres du groupe scientifique BIOHAZ ont exprimé des avis minoritaires sur cette dernière conclusion. Tous les détails sur la proposition de modification de la conclusion en question sont donnés dans l’appendice D de l’annexe 1.

De plus, la Commission européenne a demandé à l’EFSA d’indiquer quelles sont les conséquences que ce nouvel avis peut avoir sur les évaluations antérieures de l’EFSA de plantes individuelles GM contenant des gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques. Cet aspect est traité dans l’avis du groupe scientifique GMO (annexe 2).

Le groupe scientifique GMO a publié précédemment des avis scientifiques sur la sécurité de deux événements de transformation des plantes GM contenant le gène aph(3’)-IIa (nptII), à savoir le maïs MON 863 et ses hybrides, ainsi que la pomme de terre à fécule EH92-527-1. À la lumière du nouvel avis scientifique de l’EFSA, «Utilisation de gènes de résistance aux antibiotiques comme gènes marqueurs dans des plantes génétiquement modifiées», le groupe scientifique GMO est d’avis que ses évaluations antérieures d’OGM contenant ce gène marqueur de résistance aux antibiotiques sont conformes à la stratégie d’évaluation des risques décrite dans l’avis ci-dessus et qu’aucune nouvelle preuve scientifique n’a été apportée qui pourrait amener le groupe scientifique à modifier ses avis précédents.

Suite à l’adoption de ces avis par les groupes scientifiques respectifs, l’EFSA a consulté les présidents des groupes scientifiques GMO et BIOHAZ pour leur demander si la réalisation du mandat nécessitait une clarification des questions soulevées dans les opinions minoritaires de l’avis scientifique commun (lettre adressée aux présidents des groupes scientifiques GMO et BIOHAZ et au président du groupe de travail conjoint - annexe 3). Les présidents ont répondu en confirmant que les questions scientifiques abordées dans les avis minoritaires avaient déjà fait l’objet d’un examen approfondi pendant l’élaboration de l’avis scientifique commun et la rédaction des conclusions qu’il contient et que par conséquent, d’un point de vue scientifique, l’avis scientifique commun ne nécessitait pour le moment aucune clarification ni travaux scientifiques supplémentaires (annexe 4).

Directive 2001/18/EC, Regulation 1829/2003, GMOs, GM plants, antibiotics, antibiotic resistance marker genes, safety, food safety, human health, environment, horizontal gene transfer, nptII, aadA.