Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA)

Rapport du groupe de travail sur la collecte de données relatives aux zoonoses concernant l¿analyse de l¿étude de référence sur la prévalence deSalmonella dans les exploitations de poules pondeuses Gallus gallus [1]

Question nº: EFSA-Q-2006-039

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Résumé

Salmonella provoque fréquemment chez l’homme une maladie d’origine alimentaire et représente dans le monde entier une cause importante de morbidité, de mortalité et de pertes économiques. Les œufs de consommation provenant de troupeaux infectés par Salmonella Enteritidis sont une source importante de ce sérotype. S. Enteritidis est responsable de plus de 50 % des infections humaines à Salmonella dans l’Union européenne . Le deuxième sérotype le plus fréquemment rapporté dans les infections humaines est S. Typhimurium, qui est toutefois moins souvent associé à la consommation d’œufs de table.

L’Union européenne a mis en place un programme de santé publique de réduction de la prévalence de Salmonella chez les animaux d’élevage conformément aux dispositions du règlement (CE) n° 2160/2003. Afin de fournir les bases scientifiques nécessaires à la détermination d’objectifs de réduction de prévalence de Salmonella dans les cheptels de poules pondeuses (Gallus gallus), une étude de référence a été conduite dans l’Union européenne pour estimer la prévalence de Salmonella dans les exploitations industrielles de poules pondeuses, comptant plus de 1000 poules pondeuses présentes. Cette enquête a été la première étude de référence organisée au niveau communautaire.

Les prélèvements ont été effectués en élevage entre octobre 2004 et septembre 2005. Cinq échantillons de matières fécales et deux de poussière étaient recueillis par troupeau de poules pondeuses au cours des neuf dernières semaines de production. Un total de 5°310 exploitations, dont les résultats ont été validés, a été inclus dans l’étude statistique.

Salmonella a été détectée dans 30,8 % des troupeaux de poules pondeuses dans l’Union européenne. Plus spécifiquement, les prévalences d’infection des troupeaux observées à l’échelon des États membres variaient de 0 % à 79,5 %. Un total de 20,4 % des troupeaux de poules pondeuses était positif à S. Enteritidis ou S. Typhimurium. La prévalence troupeaux de S. Enteritidis / S. Typhimurium observée dans les États membres variait fortement, de 0 % à 62,5 %. La prévalence de Salmonella, notamment S. Enteritidis, était plus importante que celle prévue par les programmes de surveillance existants dans la plupart des États membres.

En raison de la conception de l’étude, fondée sur une approche pragmatique consistant à tester un seul troupeau par exploitation, la prévalence d’infection des exploitations est susceptible d’être supérieure aux résultats obtenus car certaines exploitations, dont les tests se sont révélés négatifs, peuvent comporter un ou plusieurs troupeaux positifs non détectés puisque non testés. Par ailleurs, la conception de l’étude n’a pas permis d’estimer sans informations supplémentaires une prévalence d’infection à l’échelon de l’animal.

Le nombre d’échantillons positifs par exploitation infectée variait de un à sept. Toutefois, 38 % des exploitations ont été déclarées infectées sur la base d’un ou de deux échantillons positifs à Salmonella.

Les trois sérotypes de Salmonella les plus fréquemment isolés dans l'Union européenne étaient S. Enteritidis, S. Infantis et S. Typhimurium. S. Enteritidis était de loin le sérotype le plus courant. Il a été détecté dans 60 % des exploitations positives à Salmonella.

La vaccination du troupeau contre Salmonella a été associée à un moindre risque d’infection par Salmonella, excepté pour les exploitations infectées par S. Typhimurium. Toutefois, dans les États membres dont la prévalence d’infection des exploitations par S. Enteritidis était intermédiaire (2,5 %-15 %), la vaccination avait un effet moindre sur le statut de l’exploitation vis-à-vis de S. Enteritidis.

La production en cage a été associée à un risque d’infection plus élevé que pour les autres modes de production. Cependant, par rapport aux autres modes d’élevage, la production en cage était associée à des troupeaux de plus grande taille. En moyenne, les troupeaux biologiques étaient les plus petits, tandis que ceux élevés au sol ou en plein air étaient de taille faible à moyenne. Par conséquent, le mode d’élevage en cage ainsi qu'une taille de troupeau plus importante étaient associées à un risque supérieur d’infection. Il n’a toutefois pas été possible de déterminer lequel de ces deux facteurs était un véritable facteur de risque de positivité.

Les facteurs potentiels associés à la prévalence des sérotypes autres que S. Enteritidis et S. Typhimurium étaient nombreux, y compris la saisonnalité.

Il existe des éléments laissant penser que les facteurs associés à la prévalence de Salmonella peuvent dépendre de l’épidémiologie spécifique du sérotype de Salmonella. S. Enteritidis et S. Typhimurium n’ont montré aucun signe de variation saisonnière, tandis que les sérotypes autres que S. Enteritidis et S. Typhimurium affichaient un pic durant les mois d’automne. Il y avait également des différences entre les facteurs associés à la positivité à S. Enteritidis et ceux associés à la positivité à S. Typhimurium.

Dans l’ensemble, les échantillons de poussière présentaient deux fois plus de risque d’être positifs que les échantillons de matières fécales, ce qui indique que le prélèvement de poussière est une méthode plus sensible pour détecter Salmonella dans l’environnement d’un troupeaux de poules pondeuses.

Les informations rapportées sur la lysotypie et la sensibilité aux antimicrobiens n’étaient pas représentatives de l’ensemble de l’Union européenne. La distribution des lysotypes de S. Enteritidis signalés ressemblait à celle des infections humaines à S. Enteritidis. Les proportions observées d'exploitations de poules pondeuses positives à Salmonella et comportant des isolats résistants étaient généralement faibles.

Dans les études de référence futures, une validation améliorée des données au cours de la période de soumission simplifierait la transmission et les analyses. Le fait de rendre obligatoires le signalement des résultats de résistances aux antimicrobiens et de lysotypie devrait fournir des informations plus représentatives. D’autres études sur les facteurs de risque sont nécessaires pour confirmer les résultats concernant les facteurs liés à la positivité à Salmonella.

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[1] À des fins de citation : Report of the Task Force on Zoonoses Data Collection on the Analysis of the baseline study on the prevalence of Salmonella in holdings of laying hen flocks of Gallus gallus, The EFSA Journal (2007) 97.
[2] Rapport de synthèse communautaire sur les tendances et les sources des zoonoses, des agents zoonotiques, de la résistance microbienne et des épidémies d’origine alimentaire au sein de l’Union européenne en 2005. The EFSA Journal (2006) 94.